Funnet skal ha skjedd natt til lørdag.
Det var Nordlys som først omtalte saken på sine nettsider.
Politiet melder på sin twitterkonto at det ikke på at noe kriminelt skal ha skjedd.
- En person ble funnet livløs i havnebassenget kl 0545 i morres. Personen ble erklært død på stedet. Pårørende er varslet. Saken er under etterforskning og avdøde vil bli obdusert. Det er pr. nå ingen ting som tyder på at det har skjedd noe kriminelt, skriver politiet på Twitter.
- Det er en mannsperson i midten av 20-årene som er bosatt i Tromsø. Det er enda tidlig å si noe, men det er så langt ingenting som tyder på at det ligger noe kriminelt bak, sier Eirik Kileng ved Troms politidistrikt til iTromsø.