Det bekrefter Championship-klubben på sine hjemmesider torsdag kveld.
Den tidligere midtstopperen, som blant annet spilte for Arsenal, Manchester City og Liverpool i løpet av karrieren, tok over Wigan så sent som 29. november.
59 dager senere er det slutt for ivorianeren. På de ni kampene han ledet klubben ble det null seire, tre uavgjort og seks tap.
Etter 28 av 46 kamper på nivå to i England ligger Wigan helt sist, men det er bare fire poeng opp til sikker plass.
– Dessverre har ikke resultatene på banen vært som vi håpet. Uansett hvor vanskelig avgjørelsen var, mente styret at det var nødvendig for å gi oss best mulig sjanse til å forbli en Championship-klubb neste sesong, sier Wigan-direktør Malachy Brannigan.
Jobben i Wigan var Kolo Touré – broren til Yaya Touré – sin første som hovedtrener. Han har tidligere vært assistent for Leicester, Elfenbenkysten og Celtic siden han la opp som fotballspiller i 2017.