Dermed bremset Kerber favorittfallet i kvinnenes Wimbledon-turnering.
Den 30-årige tyskeren er i semifinale for tredje gang og håper å nå sin annen Wimbledon-finale. Som 11.-seedet er hun den høyest rangerte gjenværende spiller i kvinnenes singleturnering.
Det er første gang siden profftennis ble innført at ingen av de 10 øverst seedede har tatt seg til kvartfinale i en Grand Slam-turnering.
Favorittfallet fortsetter: Ny overraskelse i Wimbledon
Kerber slo 14.-seedede Kasatkina i strake sett, men hun trengte sju matchballer før hun kunne juble.
– Jeg regnet med tøff motstand. Vi har spilt så mange jevne kamper mot hverandre, sa Kerber.
– Vi spilte begge på et veldig høyt nivå. Jeg prøvde bare å holde konsentrasjonen under servene mine. Hun flyttet meg rundt på banen, men jeg prøvde å dytte meg selv til grensen.
Kerber, som i 2016 vant Australian Open og US Open og tapte finalen i Wimbledon, møter Jelena Ostapenko i semifinalen torsdag. Latvieren vant Roland-Garros i 2016.
Ostapenko avgjorde sin kvartfinale mot Dominika Cibulková noen minutter før Kerber sto igjen som vinner av sin kamp. Sifrene ble 7-5, 6-4 etter en kamp med åtte servebrudd.
Ostapenko er seedet som nummer 12, så semifinalen blir et oppgjør mellom de to høyest rangerte spillerne.
Ellevte semifinale
36-årige Serena Williams, som gjør comeback etter fødsel, er likevel favoritten selv om hun er seedet helt nede på 25.-plass.
Mot 52.-rangerte Camila Giorgi fra Italia tapte amerikaneren første sett 3-6, men kom tilbake med 6-3, 6-4. Det var det første settet hun måtte avgi i årets Wimbledon.
Amerikaneren er med det klar for sine ellevte Wimbledon-semifinale. Der møter hun 13.-seedede Julia Görges fra Tyskland. Tyskeren møtte nederlandske Kiki Bertens, som tidligere har slått ut favorittene Venus Williams og Karoliná Pisková i turneringen.
Det nederlandske eventyret så ut til å fortsette etter at Bertens vant første sett 6-3, men Görges snudde med 6-3, 6-4 og avanserte til sin første semifinale i Grand Slam-sammenheng.
Verdensener Halep måtte ta Wimbledon-farvel
Ostapenko er seedet som nummer 12, så semifinalen blir et oppgjør mellom de to høyest rangerte spillerne.
36-årige Serena Williams, som gjør comeback etter fødsel, er likevel favoritten selv om hun er seedet helt nede på 25.-plass. Hun spiller sin kvartfinale mot Camila Giorgi senere tirsdag, mens 13.-seedede Julia Görges møter Kiki Bertens.
Del Potro videre
Tidligere tirsdag fullførte Juan Martin del Potro sin seier i fire sett mot Gilles Simon. Kampen ble avbrutt av mørke mandag og var da den eneste åttedelsfinalen som ikke ble fullført.
Del Potro misbrukte fire matchballer på 5-4 i egen serve i fjerde sett, men avgjorde det hele med den femte i tiebreak.
Federer stormer videre mot Wimbledon-rekord
Dette er kvartfinalene onsdag: Roger Federer (1), Sveits – Kevin Anderson (8), Sør-Afrika, Rafael Nadal (2), Spania – Juan Martin del Potro (5), Argentina, John Isner (9), USA – Milos Raonic (13), Canada, Novak Djokovic (12), Serbia – Kei Nishikori (24), Japan.
(©NTB)