Windingstad lå hele 2,12 sekunder bak ledende Faarup etter utfordelen onsdag, men kjørte seg betraktelig opp i torsdagens slalåmdel og vant 0,62 sekund foran dansken i Hemsedal.
17 år gamle Oscar Zimmer tok bronsen, mens Karl-Erik Jøssund (18) ble nummer fire. Siden Faarup er dansk, er han ikke med i kampen om norgesmesterskapet.
Dermed ble det NM-sølv på Zimmer og bronse på Jøssund.
– Det er kjempegøy å kjøre NM. Jeg synes det var gøy å kjøre mot de beste tidligere, og jeg håper og tror de nest beste synes det er gøy å kjøre mot oss nå. Dette er her er noe jeg alltid kommer til å gjøre fremover så lenger jeg står på ski, sier «NM-kongen» Windingstad.
Lie og Sejersted tok utforgullene i NM
Han kjørte alle disipliner under mesterskapet. I tillegg til gullet i kombinasjonen vant han også storslalåmrennet og var med på vinnerlaget Akershus i parallellslalåm.
– Det har igjen vært et fantastisk NM for min del, sier 25-åringen.
Kjetil Jansrud lå på 7.-plass etter utfordelen, men fullførte ikke slalåmrennet i NM-kombien. Adrian Smiseth Sejersted fulgte på plassen bak, men stilte ikke til start torsdag.
Kajsa Vickhoff Lie var i en klasse for seg og ble norgesmester 1,61 sekund foran Maren Skjøld. Marte Monsen tok bronse.
– Karrierebeste og tre strake gull må jeg være kjempefornøyd med. Hemsedal har også virkelig levert et bra mesterskap, sier Vickhoff Lie.