Ringerike-gutten endte sju sekunder foran Tønsberg-rytter Iver Johan Knotten, som endte på sølvplass. DSM-rytter Andreas Leknessund kapret bronsen.
Regjerende norges- og verdensmester på tempo, Tobias Foss, stilte ikke til start under NM-rittet i Sandnes. Jumbo-Visma-rytteren har ikke konkurrert siden Tour de Romandie i slutten av april.
– Jeg sykler dessverre ikke. Både tempoen og fellesstarten kommer for tidlig, sa Foss til TV 2.
Vingrom-rytteren har vunnet NM-tittelen i tempo de to siste årene.
Wærenskjold ble nummer to i fjorårets temporitt og var en av de største favorittene til å kapre gullet i Foss' fravær. 23-åringen sykler til vanlig for Uno-X.
Fellesstartene i NM for kvinner og menn går søndag.