Bortemålet gir danskene et overkommelig utgangspunkt før returoppgjøret i Herning neste onsdag.
Nordmannen skar seg fint innover fra venstrekanten og sendte av gårde et hardt, lavt skudd fra 17 meter som gikk mellom beina på en Astana-spiller og i mål etter 50 minutter.
Astana tok ledelsen ved László Kleinheisler etter en halvtime. Langt inn i overtiden ble Kleinheisler den store helten med sin 2-1-scoring.
Wikheim ble byttet ut etter 85 minutter. 25-åringen har tidligere spilt for Strømsgodset og belgiske Gent.
Ved avansement venter Dinamo Zagreb (Kroatia) eller Hapoel Beer-Sheva (Israel) i neste kvalifiseringsrunde for Midtjylland. Blir det tap, møter danskene enten The New Saints (Wales) eller Lincoln Red Imps (Gibraltar) i europaligakvalifiseringen.