Med Mohamed Elyounoussi ute av kamptroppen gikk Southampton glipp av en eventyrlig mulighet til å sikre kvartfinale-billett i FA-cupen.
Bortelagets Gavan Holohan scoret på to straffespark i det 45. og 50. spilleminutt.
Det fikk Southampton til å bytte på storkanoner som James Ward-Prowse etter hvilen, men det ble kun med reduseringen til midtstopper Duje Caleta-Car.
Southampton har slitt stort i hjemlig liga denne sesongen. De ligger sist med fire poeng opp til trygg plass.
Også Premier League-kollega Tottenham fikk seg en smell, mot Championship-klubben Sheffield United. Sander Berge startet på benken, men kom inn og spilte den siste halvtimen da Tottenham ble slått 1–0.
Det var lenge en sjansefattig kamp mellom to lag som fikk til lite offensivt, men innbytter Iliman Ndiaye avgjorde for hjemmelaget med et lekkert solomål i det 79. minutt. Han fikk rom av passive Spurs-spillere og unngikk to taklingsforsøk før han skjøt i mål bak Fraser Forster.
Tottenhams Lucas Moura traff tverrliggeren i slutten av første omgang med det som trolig var ment som et innlegg. Harry Kane hadde en stor sjanse i sluttminuttene.
