Episoden skjedde etter 54 minutters spill. Balotelli hadde ballen nede ved cornerflagget da han plutselig tok ballen opp med hendene og sparket den opp mot tribunen.
Brescia-spissen var fly forbannet, gikk av banen og mot spillertunnelen.
Rapporter i Italia, hos blant annet storavisen La Gazzetta dello Sport , melder at utbruddet skyldtes rasistiske tilrop fra tribunen.
Rasismeskandalen sjokkerte Fotball-Europa. Tidligere norsk UEFA-topp mener det «forgifter» idretten.
29-åringen ble deretter overtalt av andre spillere til å forbli på banen og fortsette kampen.
Fra speakeren på tribunen ble det deretter lest opp en melding om at kampen ville blitt avbrutt dersom ikke tilskuerne skjerpet seg.
Oppgjøret endte til slutt 2-1 til hjemmelaget Hellas Verona. Balotelli scoret gjestenes reduseringsmål fem minutter før slutt.
– Takk til alle mine kollegaer på og utenfor banen for solidariteten de viste meg og alle støttemeldingene jeg har fått fra tilhengere, skrev Balotelli søndag kveld på Instagram ved siden av en video av hendelsen.
– Jeg takker dere fra hjertet. Dere er ekte menn, ikke som dem som benekter fakta.
Frykter ny skandale – dette gjør Norge hvis rasismen rammer igjen
Tidligere hadde Hellas Verona-trener Ivan Juric sagt til Sky Sport at han ikke hørte rasistiske rop.
– Det var ingenting, og den som sier noe annet lyver, hevdet han.
Klubbens president Maurizio Setti påsto at publikum hadde vært «spøkefulle, ikke rasistiske».
Rasisme på tribunen har vært en gjenganger denne høsten. I Italia har det vært flere episoder den siste tiden. Blant andre Romelu Lukaku fikk apelyder ropt mot seg da hans Inter spilte borte mot Cagliari tidligere i sesongen.