Sveitseren slet med tydelige smerter i kneet under Australian Open i januar og har nå lagt seg under kniven.
På Facebook opplyser Federer at han lot seg operere i Sveits onsdag og at han dermed går glipp av flere turneringer, blant annet Roland-Garros.
Turneringen i Frankrike spilles fra 24. juni til 7. juni.
– Jeg mister Dubai, India Wells, Bogota, Miami og French Open (Roland-Garros), skriver Federer.